DeepLabCutとDeepEthogramのインストール

DeepLabCutとDeepEthogramは、動物の行動解析に人気です。

http://www.mackenziemathislab.org/deeplabcut

https://elifesciences.org/articles/63377

DeepLabCutは、座標トラッキング、

DeepEthogramは、行動パターンの分類を定量化するのに役に立ちます。

いずれもpip install で一発導入できますが、互いに異なる環境に依存していますのでanacondaなどの仮想環境にインストールします。また現状（２０２３年２月）では、cuda12には対応しておりませんので、cuda11.xの環境にしておきます。既にcuda12環境にあるときは、

sudo apt-get -y install cuda-11-7

sudo unlink /usr/local/cuda

sudo ln -s /usr/local/cuda-11.7 /usr/local/cuda

のようにして、cuda11.xに切り替えます。

DeepLabCutは、

https://github.com/DeepLabCut/DeepLabCut

ここを参照し、

conda create --name dlc python=3.8

conda activate dlc

pip install 'deeplabcut[gui,tf]'

でインストール、

python3 -m deeplabcut

で起動です。

DeepEthogramは、

https://github.com/jbohnslav/deepethogram/blob/master/docs/installation.md

ここを参照し、

conda create --name deg python=3.7

conda activate deg

conda install -c conda-forge pyside2==5.13.2

Install pytorch

pip install deepethogram

でインストール、

python3 -m deepethogram

で起動です。