DeepLabCutとDeepEthogramのインストール

DeepLabCutとDeepEthogramは、動物の行動解析に人気です。

http://www.mackenziemathislab.org/deeplabcut

https://elifesciences.org/articles/63377

DeepLabCutは、座標トラッキング、

DeepEthogramは、行動パターンの分類を定量化するのに役に立ちます。

いずれもpip install で一発導入できますが、互いに異なる環境に依存していますのでanacondaなどの仮想環境にインストールします。また現状（２０２３年２月）では、cuda12には対応しておりませんので、cuda11.xの環境にしておきます。既にcuda12環境にあるときは、

sudo apt-get -y install cuda-11-7

sudo unlink /usr/local/cuda

sudo ln -s /usr/local/cuda-11.7 /usr/local/cuda

のようにして、cuda11.xに切り替えます。

DeepLabCutは、

https://github.com/DeepLabCut/DeepLabCut

ここを参照し、

conda create --name dlc python=3.8

conda activate dlc

pip install 'deeplabcut[gui,tf]'

でインストール、

python3 -m deeplabcut

で起動です。

DeepEthogramは、

https://github.com/jbohnslav/deepethogram/blob/master/docs/installation.md

ここを参照し、

conda create --name deg python=3.7

conda activate deg

conda install -c conda-forge pyside2==5.13.2

Install pytorch

pip install deepethogram

でインストール、

python3 -m deepethogram

で起動です。

NVIDIAドライバーが認識されなったとき（ディスプレイの解像度が低下）

 例えば、不用意にUBUNTUのアップデートをしてしまい、NVIDIAドライバーが認識されなくなることがあります。そんなときは、あきらめて、再インストールです。

sudo apt autoremove cuda

をしたあとに、通常のNVIDIAドライバーのインストールです。

現状、cudnn for cuda 11.xが最新なので、

cuda 11.8を入れることになります。

「cuda 11.8」で検索です。

Installation Instructions:

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2204/x86_64/cuda-ubuntu2204.pin

sudo mv cuda-ubuntu2204.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.8.0/local_installers/cuda-repo-ubuntu2204-11-8-local_11.8.0-520.61.05-1_amd64.deb

sudo dpkg -i cuda-repo-ubuntu2204-11-8-local_11.8.0-520.61.05-1_amd64.deb

sudo cp /var/cuda-repo-ubuntu2204-11-8-local/cuda-*-keyring.gpg /usr/share/keyrings/

sudo apt update

sudo apt -y install cuda

keyringsのところは、ターミナルで指定されます。

最後に

sudo rebootです。